Devem ser guardados em locais isentos de poeira, calor e umidade, e preferencialmente em caixas que os protejam. 

Os disquetes devem ainda ser mantidos em locais onde não existam campos magnéticos.

Ao serem colocados muito próximos do monitor, da impressora ou do estabilizador de voltagem, podem ser desmagnetizados (manter longe de TV's, caixas de som, etc.).

Experimente usar o comando format a: /u (Ir ao prompt de comando do DOS). 
Se voltarem a funcionar, significa que não estavam estragados, mas apenas desmagnetizados. 
A formatação pelo programa format, com a opção /u, cria uma nova magnetização. 
É também importante fazer limpezas periódicas nas cabeças de leitura e gravação das unidades, usando um kit apropriado. 

A periodicidade da faxina dependerá da freqüência de uso dos disquetes e também do estado geral de suas mídias. 

Disquetes antigos e de má qualidade costumam sujar mais as cabeças.



Fonte: David Cesarino, PCWorld